Основатель Красноярского острога.
Родом из старинных бояр Владимирского уезда из младшей ветви рода Хрипуновых-Аничковых-Ряполовских. Был вторым и последним сыном в семье, рано осиротел.
В 1622 году вместе с дальним родственником Яковом Хрипуновым отправился из Москвы в Енисейск, где Хрипунова назначили на должность воеводы.
В 1623 году по поручению воеводы Дубенский с небольшим отрядом отправился вверх по Енисею выбирать место для закладки будущего острога, который смог бы обеспечить безопасность Енисейска, Томска, Кузнецка — мест уже обжитых и важных для Москвы.
Дубенский выбрал место для нового острога в четырех днях конного пути от Енисейска, на высоком плоском ровном мысу (сейчас это место называют Стрелкой), образовавшемся между устьем речки Изыр-су (Качи) и Енисеем. С юго-запада «стрелка» ограничивалась Черной сопкой (Афонтовой горой).
Выбранное под острог урочище Дубенский назвал «Красным» — по цвету берега и красивому месту.
В 1625 году Дубенский сделал чертеж острога и отправился с ним в Москву. Царь Михаил Федорович Романов с думными боярами его одобрил и определил «городчиком» будущего поселения Дубенского, как наиболее сведущего в этом вопросе.
В 1627 году (через два года после первого указа Москвы) экспедиция Дубенского выступила из Тобольска. Вместо назначенных 500 по сибирским городам удалось набрать лишь 303 человека, в том числе трех атаманов, шесть пятидесятников, 24 десятника и 270 рядовых.
В июле 1628 года экспедиция Дубенского пристала к выбранному для острога месту. Из разобранных лодок сразу же был поставлен городок. Рядом, на левом берегу Качи, на самой высокой точке сопки Кум-Тигей (ныне Покровская) была установлена караульная башня.
В первые годы существования острога его называли Новокачинский. Это свидетельствует о том, что до Красноярска, в районе Качи, уже существовало русское поселение. Но имя «Новокачинский острог» не прижилось. И спустя несколько лет «Красный яр», придуманное Дубенским, стало использоваться всеми жителями как единственно верное.
Весной 1629 года красноярский атаман Иван Кольцов отправился в Енисейск за хлебом, но в помощи ему было отказано. Вернувшегося без продовольствия в Красноярск атамана голодные казаки убили, а тело сбросили в Качу. Новый енисейский воевода Аргамаков писал в Москву о бесполезности Красноярского острога: в 1629 году Красноярский острог собрал ясака всего на 170 рублей, а его же острог — на 5 тыс. рублей в год. Дубенского вызвали в Москву для судебного разбирательства.
1 августа 1630 года в Москве издан указ, которым разрешалось ликвидировать Красноярск. Но из-за бесконечных набегов кочевников на Енисейск и другие города через два года решение об упразднении Красноярска было отменено.
В 1631 году Андрей Дубенский уехал из созданного им острога. В итоге суда истина была установлена, Дубенского оправдали. Однако царь Михаил Романов и боярская дума остались недовольны малым количеством ясака, поступавшего из Красноярского осторга. Поэтому получивший звание дворянина Дубенский уехал в Курмыш, где унаследовал поместье.
Бывший красноярский воевода сразу занял почетное место среди местных дворян. Уже летом 1631 года он выступил против бесчинств, которые творили расквартированные в Курмыше солдаты.
В 1633 году Дубенский защищал Москву от набега крымских татар. Отвечал за оборону одной из башен между Покровскими и Яузскими воротами, имея под своим началом отряд стрельцов и народных ополченцев.
Основатель Красноярска умер до конца 1650-х годов. Точных данных о его смерти нет.
30 августа 1997 года в Красноярске установлен памятник Андрею Дубенскому. Его поставили на краю утёса на месте, где Дубенский написал грамоту царю со словами: «на яру место угожее, высоко и красно, и лес близко всякой есть, и пашенных мест и сенных покосов много, и государев де острог на том месте поставить мочно».