Со 2 июня по 5 июля Богучанской ГЭС предписано поддерживать среднесуточные расходы воды в пределах с 2 600 до 2900 кубометров/с. Такое распоряжение дало Енисейское бассейновое водное управление.
В настоящий момент для поддержания навигационного уровня Ангары расход воды через гидроузел составит около 2 700 кубометров/с, далее при необходимости и исходя из гидрологической обстановки расход может быть плавно увеличен до 2900 кубометров/с.
Для пропуска такого объема воды станция включает в сеть шесть агрегатов — ранее для экономии гидроресурсов в связи с понижением приточности в осенне-зимний период работали четыре из девяти установленных на ГЭС агрегатов, с середины мая для обеспечения навигации хватало пяти агрегатов.
По состоянию на 1 июня уровень Богучанского водохранилища находился на отметке 207,58 м над уровнем Балтийского моря, уровень воды в нижнем бьефе — 138,14 м. Среднесуточный приток к створу ГЭС превышает 2 600 кубометров/с, в том числе боковая приточность на участке между Усть-Илимской и Богучанской ГЭС — 300 кубометров/с.
С 10 мая Богучанская ГЭС работает в режиме обеспечения навигации на Ангаре и Енисее, расходы осуществляются только через гидроагрегаты, водосбросы станции не открывались. Мониторинг и контроль уровней воды осуществляется ежедневно.