Основан в 1957 году, когда Красноярску дали возможность выставить свою футбольную команду в чемпионате СССР в связи с расширением сибирской зоны.
В чемпионатах страны команда Красноярска выступала под следующими названиями:
1957–1967 гг. — «Локомотив»;
1968–1969 гг. — «Рассвет»;
1970–1990 гг. — «Автомобилист»;
С 1991 г. и до 2010 г. — «Металлург»;
С 2010 года по 2011 год — «Металлург-Енисей»;
с 2011 года — «Енисей».
1958 г. — команда получила статус кубковых бойцов, дойдя до финала и уступив «Спартаку» со счетом 1:4.
1964 г. — снова игра с командой высшей лиги — харьковским «Авангардом» (победа 1:0), а затем игра на своем поле с тбилисским «Динамо».
1966 г. — команда выигрывает зональный турнир, все же оставаясь в классе «Б»
1995, 1998 гг. — играет в первой лиге.
Сезон 2001 г.- 9-е место в чемпионате первого дивизиона, войдя в число 25 лучших команд страны.
Сезон 2009-2010 ФК «Металлург-Енисей» закончил лидером турнирной таблицы зоны «Восток» второго дивизиона и перешел в первый дивизион национального первенства под названием ФК «Енисей».
Рекорды и рекордсмены красноярского футбола:
•наибольшее количество игр за команду — Юрий Сипкин — 625;
•лучший бомбардир за все годы — Юрий Сипкин — 91;
•лучший бомбардир за сезон — Сергей Колчин — 22 (1981 г.);
•самая крупная победа — 10:0 над «Забайкальцем» (Чита) (1961);
•самая крупная победа на выезде — 6:0 над «Автомобилистом» (Южно-Сахалинск) (1994 г.);
•забитые мячи за сезон — 67 (1994 г.) + 6 голов технических;
•больше всего побед за сезон — 23 (1995 г.);
•лучший результат на своем поле — +16=1—0 (1995г.);
•лучший результат на чужом поле — +9=3—3 (1998 г.);
•меньше всего пропущено голов за сезон — по 14 (1983 г. и 1998 г.);
•лучшая средняя результативность за сезон — 2,5 гола за игру (1961 г.);
•лучшая беспроигрышная серия — 12 игр (11 побед, 1 ничья) (1995 г.);
•крупные победы за сезон — 9 при разнице мячей — 34:1 (1998 г.);
•больше всех мячей в одной матче забивали — по 4 — Александр Парченко (1961 г.), Алексей Кузнецов (1980 г.), Сергей Колчин (1983 г.).
Некоторые красноярские футболисты, игравшие за клубы элитных дивизионов СССР и России:
Василий Бузунов — «Динамо» (Москва), ЦСК МО (Москва);
Герман Забелин — ЦСК МО, «Волга» (Горький), «Локомотив» (Москва);
Александр Парченко — «Локомотив»;
Лев Горшков — «Локомотив»;
Анатолий Сизов — «Локомотив»;
Андрей Редкоус — «Зенит» (Ленинград), «Торпедо» (Москва);
Александр Тарханов — ЦСКА;
Олег Романцев — «Спартак» (Москва);
Владимир Кухлевский — ЦСКА, «Пахтакор» (Ташкент).
В феврале 2010 года и.о. министра спорта, туризма и молодежной политики края Сергей Гуров подписал распоряжение о переименовании клуба в «Металлург-Енисей».
18 января 2011 года на заседании членов наблюдательного совета клуба было принято решение о смене названия команды на ФК «Енисей».
В июне 2017 года главным тренером «Енисея» стал самый титулованный футболист России, бывший тренер московского «Спартака» Дмитрий Аленичев.
21 мая 2018 года впервые в своей 80-летней истории красноярский «Енисей» вышел в российскую футбольную премьер-лигу.
22 сентября 2018 года в Красноярске состоялся исторический матч — первая домашняя игра «Енисея» в Премьер-лиге. «Енисей» проиграл екатеринбургскому «Уралу» со счетом 1:2.
7 октября 2018 года красноярский ФК «Енисей» проиграл московскому «Спартаку» на домашнем поле. Встреча команд состоялась в рамках 10-го тура российской премьер-лиги.
Президент клуба — Виктор Кардашов
Главный тренер — Дмитрий Аленичев
Официальный сайт www.fc-enisey.ru