Чистая прибыль ПАО «Богучанская ГЭС» по российским стандартам бухгалтерской отчетности за 9 месяцев 2018 года увеличилась на 13,56 % по сравнению с аналогичным периодом 2017 года и составила 3,87 млрд рублей. Увеличение прибыли связано с ростом средней цены энергии и мощности на оптовом рынке в Сибири. С начала 2018 года станция выработала более 11,5 млрд кВтч, установив в июле рекорд выработки за все время эксплуатации — более 1 457 млн кВтч за месяц.
Первые три агрегата Богучанской ГЭС были введены в промышленную эксплуатацию 26 ноября 2012 года; № 4 — 21 января, № 5 — 5 ноября, № 6 — 6 декабря 2013 года; № 7 и 8 — в конце сентября, гидроагрегат № 9 — 22 декабря 2014 года. Станция начала работать в режиме промышленной эксплуатации на оптовом рынке электроэнергии и мощности (ОРЭМ) с 1 декабря 2012 года.
Большая часть электроэнергии и мощности поставляется по свободным (нерегулируемым) ценам, сформированным в результате конкурентных отборов, проводимых на территории второй ценовой зоны (Сибирь) по соответствующим секторам ОРЭМ. Оставшиеся объемы электроэнергии и мощности с 1 января 2014 года реализуются на ОРЭМ в рамках регулируемых договоров (РД) с гарантирующими поставщиками в адрес населения и приравненных к нему групп потребителей. Тарифы для этих поставок устанавливает Федеральная антимонопольная служба (ФАС). С июля 2015 года часть объёмов электроэнергии и мощности поставляется на Богучанский алюминиевый завод.