В 2003 году Счетная палата зафиксировала 116 фактов причинения ущерба федеральному бюджету и бюджетам субъектов РФ, общий ущерб от которых оценивается в сумме свыше 100,9 миллиардов рублей, установлен 191 факт использования бюджетных средств не по целевому назначению на сумму 1 миллиард 484,9 миллионов рублей. По итогам проверок Счетной палаты в правоохранительные органы был направлен 121 материал, по которым в 2003 году правоохранительные органы возбудили 241 уголовное дело. Заслушав отчет о работе Счетной палаты за 2003 год, Госдума приняла решение признать работу палаты в 2003 году удовлетворительной.