Енисейское бассейновое водное управление в соответствии с решениями Росводресурсов установило режим работы Богучанской ГЭС с 3 июля по 3 августа. Среднесуточные сбросные расходы гидроэлектростанции должны находиться в диапазоне 3000-3200 кубометров в секунду. При этом уровень воды в Богучанском водохранилище у плотины ГЭС необходимо поддерживать в пределах отметок 207,5-208,0 м, а также должны быть обеспечены судоходные уровни на реке Ангара.
В течение июня диапазон расходов Богучанской ГЭС составлял 2900-3200 кубометров в секунду. По состоянию на утро 3 июля уровень Богучанского водохранилища находился на отметке 207,83 метра над уровнем Балтийского моря, уровень Ангары в нижнем бьефе — 138,44 метра. Несмотря на высокую температуру воздуха, установившуюся в южных и центральных районах Красноярского края в конце июня — начале июля 2020 года (до +32-33 градусов), боковая приточность в Богучанское водохранилище выше, чем была в 2019 году. Специалисты-гидрологи оценивают год как средний по водности. Водохранилища ГЭС Ангарского каскада располагают свободной емкостью для приема дождевого паводка.
Режимы наполнения и сработки водохранилищ, пропуск паводков на ГЭС устанавливает Федеральное агентство водных ресурсов (Росводресурсы) с учетом рекомендаций Межведомственной рабочей группы, в состав которой входят представители МЧС, Минсельхоза, Росрыболовства, Росморречфлота, АО «Системный оператор Единой энергетической системы», органов исполнительной власти субъектов Федерации и др.